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微生物菌肥是指含有活体微生物的一类专用肥。其种类繁多，如按其产品中所含的具体微生物种类可分为：细菌肥料、放线菌肥料、真菌肥等；按其作用机理可分为：根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、解钾菌肥料等。微生物肥的功效主要与营养元素的来源和功效有关，或者与植物吸收养分、水份和抗病能力有关，概括起来有以下几个方面：
微生物菌肥能够提高土壤肥力的主要功效。如各种自生、联用或共生固氮微生物肥，可提高土壤中氮的含量，使土壤中有多种微生物溶磷、溶钾，如某些芽袍杆菌、假单胞菌的应用，土壤中难溶的磷、钾可被分解，转化为可被植物利用的磷、钾化合物。
制造并帮助作物吸收营养物质，根瘤菌肥是一种重要的微生物肥料，其主要作用是利用寄主植物提供的能量，使空气中的氮转化为氨，然后转化为谷氨酸胺和谷氨酸，可被寄主豆科植物吸收利用，供其施用。根瘤菌能与许多植物的根共生。它能吸收更多的养分供植物吸收利用，其中对磷的吸收作用明显，对锌和铁的吸收作用也明显增强。
增强农作物对病害和早衰的抗性，一些微生物肥的苗种接种后，由于在植株根系内大量繁殖，成为植株根际的优势菌，除其自身的作用外，也因其生长繁殖而减少了病原微生物的繁殖机会，另外一些抗病原微生物的作用，对减轻植物病害有一定的效果。而菌根真菌由于能在植物根部大量生长，菌丝除了能吸收对植物有益的养分外，还能增加水分的吸收，提高植物的抗早性。
另外，微生物菌肥还具有节约化肥，降低生产成本等显著优点，相对于肥料，生产过程中消耗的能量要少得多，而微生物肥不仅用量少，而且无毒、无害，因此无环境污染问题。
